UNJ memiliki lambang (logo) berupa api, lima sayap garuda dan buku di dalam kerangka bunga mekar dengan inti pengertian:
Api tiga lapis yang berwarna merah adalah jiwa api akademik dan pendidikan menunaikan Tri Darma Perguruan Tinggi disertai beranimembela kebenaran untuk mencapai cita-cita luhur.
Sayap burung garuda berwarna hijau yang berjumlah lima pasang, melambangkan semangat kuat Pancasila yang melandasi sikap dan perbuatan seluruh warga UNJ untuk berperan mewujudkan tujuan pembangunan nasional.
Buku berwarna putih sebagai dasar, melambangkan UNJ sebagai sumber ilmu pengetahuan, teknologi dan seni.
Lima teratai yang mekar dan melingkar melambangkan keluhuran budi sivitas akademika UNJ dalam mengabdi bagi kepentingan bangsa dan negara, berazaskan Pancasila dan berorientasi ke masa depan.
Warna dasar kuning melambangkan keluhuran budi.