Dasar lambang adalah perisai bersegi lima yang menggambarkan pertahanan serta jiwa Pancasila sebagai landasan dan jiwa dan segala bentuk perjuangan dan Dharma Bhakti Universitas Pattimura.
Obor Pattimura, Pahlawan Nasional yang berasal dan Daerah Maluku dengan lidah nyala obor bercabang tiga melambangkan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
Dharma tersebut harus dilaksanakan dengan jiwa dan semangat kepahlawanan. Bunga teratai melambangkan llmu Pengetahuan dan Kearifan.
Mutiara melambangkan ketabahan dalam menuntut llmu dan ketabahan dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi, untuk memperoleh hasil yang bermutu.
Tiga butir mutiara serta kesepuluh dasar mahkota dan kelopak daun teratai menggambarkan hari lahir Universitas Pattimura yaitu tanggal 3 Oktober. Dengan diterbitkannya Surat Keputusan Presiden Nomor 66 tanggal 23 April Tahun 1963 maka hari lahir Universitas Pattimura dirayakan pada setiap tanggal 23 April, walaupun lambang tiga butir mutiara serta kesepuluh dasar mahkota dan kelopak daun teratai tetap dipertahankan sesuai data sejarah.
Arti Warna Pada Lambang
Putih melambangkan kesucian Kuning melambangkan ketekunan
Merah melambangkan keberanian
Motto : " BERKEMBANG DALAM TANTANGAN " (HOTUMESE)