Logo baru UIN Syarif Hidayatullah Jakarta merupakan amanat Rapat Senat UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Logo baru itu mengandung 4 (empat) karakter utama, yaitu Keislaman, Keilmuan, Keindonesiaan, dan Globalisme. Ciri atau karakter tersebut tercermin dalam logo baru dengan penjelasan sebagai berikut:
Bayang-bayang bola dunia
Menggambarkan wawasan global UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Menggambarkan misi Islam sebagai rahmat bagi semesta (Rahmatan Li al-Alamin) yang juga diemban oleh UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Menggambarkan Kubah masjid.
Garis edar elektron
Menggambarkan ilmu pengetahuan yang secara terus menerus harus digali, diriset, dan dikembangkan.
Menggambarkan perubahan dan dinamika kehidupan yang harus senantiasa ditanggapi atau direspon oleh UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Menggambarkan keajegan hukum alam (sunnatullah) yang diperintahkan Allah SWT untuk selalu dibaca dan diteliti untuk kesejahteraan umat manusia.
Bunga lotus atau sidrah
Diambil dari al-Qur'an: Sidrah al-Muntaha. Sebuah lambang dan cita-cita setiap mukmin untuk menggapai pengetahuan kebenaran tertinggi (Ma'rifah al-Haq) demi kemaslahatan bersama.
Kitab
Menggambarkan himpunan petunjuk kehidupan dan moral serta sumber inspirasi dan kaidah hukum yang tertulis di dalam Kitab Suci al-Qur'an dan al-Hadits yang harus ditaati bagi pengembangan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Menggambarkan himpunan ilmu pengetahuan yang tertulis di dalam berbagai literatur yang harus terus digali dan dikembangkan oleh UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Garis putih pada kata-kata UIN
Menggambarkan sebuah tali pengikat UIN Syarif Hidayatullah Jakarta sebagai universitas yang kuat, yang istiqamah, yang teguh berpendirian dan senantiasa mengedepankan kejernihan intelektual dan moral.
Menggambarkan Sirat al Mustaqim.
Warna biru
Melambangkan kedalaman ilmu, kedamaian dan kepulauan Nusantara yang berada di antara dua lautan besar, sebuah wilayah yang mempertemukan berbagai peradaban dunia.
Warna kuning
Melambangkan cita-cita UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menuju tahun-tahun keemasan, kecemerlangan, Baldatun Tayyibatun wa Rabbun Ghafur.