Lambang universitas terdiri dari unsur-unsur yang memiliki pengertian sebagai berikut:
Sembilan sudut bermakna jumlah Walisongo;
Rajutan/ikatan dengan membentuk sembilan sudut yang saling terkait ini adalah simbol Bhineka Tunggal Ika, harmoni dalam keberagaman;
Simbol Twin Towers berwarna kuning emas menunjukkan integrasi keilmuan menunjukan bahwa integrasi keilmuan yang akan berujung kejayaan;
Warna hijau yang berarti kehidupan menjadi warna dasar identitas Universitas;
Tulisan UIN berwarna kuning emas di dalam rangkaian yang berbentuk sembilan sudut; dan
Tulisan UIN Sunan Ampel Surabaya di bawah rangkaian yang berbentuk sembilan sudut berwarna hitam.